入城後，劉石招賈诩、徐福、張松、彭脫等商議。
彭脫道：“如今南陽軍、益州府與我雍州骠騎将軍府剛剛整合，人心不穩，急需讓各方各安其職，各府縣有、有司治理，不然會出大問題。”
徐福道：“南陽軍中三位柱石剛剛仙去，人心不穩，士卒犯疑，骠騎将軍要早做決定。”
張松道：“益州雖然是劉璋暗弱，動亂常生，此時将軍更應及早拿出治理措施，以安民心。”
劉石點點頭，又與幾人特别是張松、徐福就南陽軍中人物及益州将吏能力進行了解後。
劉石宣布劉璋為雍州刺史，及早到任，劉真為安西将軍兼益州刺史、張松為治中、嚴顔為别駕，費觀、黃權為益州從事。彭脫為荊、益方面都督，徐福為軍師中郎将，劉琦為荊州刺史，諸葛亮為軍師從事，簡雍、糜竺、孫乾、張逸為骠騎府從事，徐榮為護漢将軍，陳到為平南将軍，劉磐為忠勇将軍，文聘為忠義将軍，桌膺為勇義将軍，何儀為歸義将軍，武安國為蕩寇将軍，霍峻為中郎将，陳軍、張祥為中郎将，劉封、關平、廖化、周倉、王平為校尉，随骠騎府聽用，其餘吳懿、李嚴為中郎将，泠苞、鄧賢為校尉。
人事任命完畢，劉石才命張松、賈诩對益州戶、口、錢糧進行清理，命彭脫對南陽、益州軍卒進行整合。
幾天下來，共清理出益州有口約三百萬人，另有夷人近百萬人，兩處部曲合計十三萬人，不過有兩萬餘人為老弱殘兵，被彭脫一一清理出來，安置一處屯田。對有家口的退役歸家，賞田一至三畝不等。
但劉石發現益州田地兼并嚴重，州中竟連幾萬畝公田都拿不出來，而且人口更是奇怪，前州牧接手時，益州戶籍上有口四百餘萬人，而益州大族，所報奴仆數與在冊人員極不相符，有的大族竟占有良田達幾十萬畝。而在土地兼并嚴重的地方，盜賊就多，郡縣治安不靖，攻府、破縣更是常事，益州州牧派駐的官吏，多次被殺，導緻許多地方無人敢去就任，造成官府空缺，隻能由當地大族自治。
劉石覺得其中必有疑，暗暗派楊豐扮成江湖遊俠前去查探，回來後報知，這山賊中竟有大半與當地大族勾結，謀害官府，殘害百姓，緻部份百姓為自保不得不入山為匪。
劉石冷冷一笑，令賈诩、張松、張猛、閻行、吳懿組成三萬大軍征剿各處山賊，凡與山賊勾連殘害過官府者，首惡必誅。
這時有消息傳來道：“曹操已攻下丹陽、吳縣，孫權退守桧稽。”
劉石一怔！暗道：“這曹操好快啊！”
令陳到、徐福率軍兩萬前出夷道，防範曹操自荊州沿江水而上侵犯益州，又令陳軍為将，張祥為輔，率軍兩萬前去收複牂柯郡，然後直出荊南武陵與文聘彙合，自荊南襲擾曹軍。
不到三月，廣漢、蜀郡二郡平定，查出幾十家豪族、士紳與山賊勾結，被劉石連根撥起，所得錢财幾億巨之多，良田過百萬畝，清查出漏報奴仆達五萬餘人。
劉石大怒！令益州各郡速從實申報自家擁有奴仆數及良田畝數，按數交納捐賦，服從勞役，一月内未報者，一旦清查出來，嚴懲不怠。
政令傳出，南部數郡除部份郡守将使者都拒之郡外，更有郡府将使者殺害。特别是夷人，将派出使者殺害後，還将情不自禁屍體懸挂樹上。
消息傳來城都，劉石急忙招集衆人商議。
張松道：“夷人不知禮節，又懶又愚，不事耕種，以打獵為生，生活極為窮困，其頭人常向我漢人索要錢财、糧油鹽等，不給就襲擾我大漢設置的官府及治下百姓。這幾百年來，曆來如此，難以根治。”
賈诩陰陰地道：“這夷人不過近百萬人，隻需将其遷下山，或遷來蜀中腹地，教化其識禮，知孝，其患自解。”
彭脫道：“主公！脫願前去征讨，恢複我漢家河山安甯！”
劉石沉思片刻，道：“好！就由子真為南征都督，允許沿途任免、設置官府，遇事可與張松商議後自行決定。”随後又任命閻行、張猛為輔，領軍五萬南征。
彭脫出發後不久，劉真也來到益州，劉石等劉真接管益州之後，留下五千軍卒，帶領其餘近兩萬大軍出劍閣攻葭萌，又令劉風率五萬大軍出武都攻取陽平關，徐榮自西城攻新鄭，楊奉自米倉道攻城固。
葭萌關守将馬超知劉石來攻，出城來迎，劉石道：“馬超！你父被曹賊害死，為國盡忠，你不思為父報仇，反而獨守孤城，妄圖阻擋天軍，是何道理？”
馬超道：“我當初本是要為父報仇，奈何西涼人勢利，奉曹賊為父，與我作敵。我不敵隻得走往漢中，本想請張祭酒助我攻取西涼，荊州之變，逼得我們不得不尋找安全後方。”
劉石道：“當初為何不投我？”
馬超道：“誰人不知骠騎将軍忠于漢室，雖擁兵自重，但從不與曹賊公開作對。我投将軍，何異于自投羅網，将軍接到曹賊書信，說不定将我賣了呢？”
“孟起何出此言？當初本公也是參與營救皇帝其中之一，難道你還不相信我嗎？”劉石放緩語氣道。
馬超冷笑數聲道：“骠騎将軍是參與此事，不過隻是從側邊呼應，不光沒有損兵折将，反而得了不少好處。據說光遷移百姓就達近十萬，獲得曹賊所得袁紹的軍用器械無數，再就是小小的偷襲了曹賊一把。也僅此而已。而曹賊回兵之後，骠騎将軍撤軍撤得比兔子跑得還快！”
劉石沉思一會兒道：“就因為如此嗎？”
“難道這些還不夠嗎？誰知道骠騎将軍會不會因為曹賊重兵壓境，迫于壓力，或者曹賊假天子诏書向骠騎将軍索要罪臣超等，骠騎将軍将超等送與曹賊呢？”
劉石道：“難道孟起不知兵者國之大事，為将者百姓之司命，不可不察，不可不慎。曹賊兵重，我為何要以卵擊石？難道不知避其鋒銳，守其險隘，擊其虛，耗其兵嗎？從而達到經弱轉強之勢？”
馬超道：“任你說得天花亂墜，張祭酒對我不薄，我是不會降的，要戰就戰，不必多說。”
“好！今日不與你戰，待你回去仔細思考，來日與我是戰是和随你決定，我是看在壽成先生為我大漢盡忠的份上勸你一次，不忍其後輩蒙羞！”
說完徐徐退兵！