有崇祯的命令和錦衣衛的配合，加上大量的證據，經過三司會審孫元化案很快就有了結果，經過審議孫元化被宣布無罪釋放，由于朝廷已經撤銷了登萊巡撫的職位，從此不再設立，孫元化原先的官職已經沒有了，隻能等崇祯決定以後的去留。
十月初四，徐光啟在兒子徐骥和劉凡的陪同下親自來到刑部大牢迎接即将出獄的孫元化。劉凡也第一次見到了大明聞名已久的鑄炮大家。此時的孫元化已經是五十一歲的高齡了，加上一年以來受盡屈辱和折磨，遭遇了人生最大的背叛和冤屈。當劉凡見到他時簡直不敢相信自己的眼睛，剛剛出獄的孫元化衣衫褴褛，蓬頭垢面，頭業已花白，神色也十分憔悴，遠遠望去就像一個行将就木的老人。甚至滿臉病容的徐光啟看起來都比他好一些。
孫元化在兩個獄卒的看護下走出刑部大門，長期不見天日的牢獄生活使其不由眯起眼睛，看到站在對面的劉凡一行，頓時熱淚盈眶。快步上前“噗通”一聲跪倒在徐光啟面前“學生孫初陽拜見恩師！”話音剛落就失聲痛哭。
徐光啟也是滿心激動，扶起孫元化仔細打量了一下，半響才道“初陽！受苦了！都怪為師無能沒有辦法救你！隻能眼睜睜的看着你在牢裡受苦！”說罷老淚縱橫。
孫元化有些哽咽的說道“弟子不怪恩師！隻怪弟子不孝，連累恩師跟着弟子擔心！一把年紀還有為我四處求人奔走！弟子無顔面對恩師啊！今生能再見恩師一面就已經知足了！”
徐光啟安慰道“初陽莫做小女兒态！這次你能平安歸來全靠濟民幫助！你要好好感謝他啊！”
孫元化這才收起眼淚，對着一旁的劉凡長長一稽“感謝濟民相助！此恩孫初陽沒齒難忘！但有吩咐，在下赴湯蹈火在所不辭！”
劉凡趕緊扶起孫元化道“初陽先生言重了！您可能還不知道，老師已經收我為弟子了！現在咱們是師兄弟，一家人，相互幫助是理所應當的事情！千萬不要說謝！”
孫元化聞言有些驚訝的看了自己的師父一眼，見到其點頭才确定這事是真的，不由的對着劉凡道“沒想道恩師晚年還收了一個關門弟子！難得濟民受恩師青睐！想必必有大才！改日定當請教一番！”
劉凡連道“我也沒有什麼才能！隻是對西方的事務感興趣罷了！蒙老師不棄，收為弟子已經是萬幸了！哪裡比得上師兄！實不相瞞！我對師兄仰慕已久！此次也是出于尊敬才出手幫忙的！”
孫元化聽到劉凡的話有些驚訝！正要開口，卻聽到徐光啟打斷道“好了！你們兩個不要相互恭維了！現在初陽平安歸來！以後有的是時間讓你們相互了解！再說為師已經要求諸位好友至家中，一來為初陽接風洗塵！二來請他們做個見證正式收濟民為徒！此時客人們怕已經等的不耐煩了！咱們師徒可不能失禮于人！應該先回府再說！”
兩人連忙稱是，四人一起坐着馬車前往徐府，回到府中此時已經是賓朋滿座了，徐光啟久曆宦海朋友自然是極多的，不但有朝中好友，甚至還有不少西方的傳教士。看到廳中如此熱鬧的景象劉凡不由感歎，自己這步棋算是走對了！有了徐光啟師徒兩人幫助，最起碼自己以後不會愁怎麼去找這些西方的科學家了。
廳中衆人看到四人平安歸來，立刻上前恭賀，四人也一一回禮。待到孫元化梳洗歸來後，徐光啟坐在主位高聲道“感謝諸位朋友前來捧場！這次徐某邀請諸位前來，主要是為了做個見證，今日老夫将收濟民為老夫的關門弟子！”
古代收徒是有嚴格的講究的，古語雲“一日為師，終身為父！”在古代老師的地位僅此于父母，甚至還在君王之上的。等到徐光啟宣布完畢後，由孫元化這為弟子引着，劉凡身穿青衣亦步亦趨的跟在孫元化身後走入正堂。
徐光啟端坐于主位，劉凡走到近前，三次叩，雙手擎着贽禮和拜師帖恭敬道“直隸劉凡仰慕先生仁德，願委贽行禮，請為弟子”待到徐光啟同意收下贽禮和拜師帖劉凡這才能敬茶，喝完這杯敬師茶劉凡才正式成為徐光啟的弟子。
整個拜師期間氣氛莊重嚴肅！等到禮畢衆人才上前祝賀。身為劉凡親屬的李小虎等人自然不能缺席，就連小竹小荷兩女也對劉凡俏聲道“恭喜老爺！拜得恩師！”
就在諸多賓客上前恭賀時，門外突然有家丁喊道“王公公到！”廳中頓時為之一靜，衆人齊齊往門外看去。就見王承恩帶着兩個小太監跨門而入。對着劉凡和徐光啟道“雜家趕緊趕慢還是來晚一步！奉皇上口谕，祝賀濟民拜師！禦賜玉如意一對！”
然後對着劉凡等人說道“徐閣老！濟民！恭喜恭喜啊！”
劉凡趕緊回道“謝陛下厚愛！謝謝王公公！王公還請上座！”
王承恩笑着拒絕道“不了！陛下旨意已經帶到，雜家還要急着回去複命呢！就不留了！”然後小聲對着劉凡說道“陛下還說你小子做事不厚道！這麼大的事情居然不通知陛下！陛下很生氣！命你明日前去觐見！濟民！陛下很生氣！你自求多福吧！”說完後不理劉凡驚愕的表情朝着徐光啟告辭一聲轉身離去了。
等到王承恩走後，廳中氣氛頓時熱烈起來，衆人看向劉凡的目光也都帶着深深的羨慕和敬畏。原本隻是例行客套的話語，也變的親切熱烈起來。劉凡心中有些苦笑，這是把他架在火上烤啊！對崇祯的這一手有些無奈和感動。
這場拜師禮在歡鬧的氣氛下落下帷幕。劉凡心中惦記那些西方傳教士的事情，第二天一早，就找到孫元化，請他陪同一起前往拜訪這些人。孫元化感激劉凡的恩情沒有推辭，帶着劉凡前往這些人的住處。