福建鄭家陸軍的整編進行的非常順利，因為鄭家大部分軍隊聚集在泉州安平一代，陸軍先是奉鄭芝龍之命投降了滿清，然後在崇明軍大敗阿濟格攻打泉州時又反正舉義，被任思齊以隆武帝的名義把大部分将領都軟禁了起來。鄭芝龍已死，鄭鴻魁、施福、鄭芝豹等将領又被抓，十餘萬軍隊群龍無首，被輕而易舉的收編。
軍隊歸根到底打着的是大明的旗幟，雖然吃的是鄭家的饷銀，可除了少數一小撮大部分人還是承認隆武朝廷，被改編時除了少部分人試圖抵抗，其他人懾于崇明軍大敗八旗兵之威，根本興不起反抗的念頭。再加上任思齊慷他人之慨，拿着繳獲的銀子大量發饷銀，大部分鄭家嫡系将領被抓又空缺出了無數個職位，任思齊從中低級軍官中提拔素有威望之人，填補鄭家将領的空缺，然後又從士兵中提拔大量的人為低級軍官，人人都有銀子拿，又得到了難得的升官機會，誰還會去理會舊日的主人。
在整編的過程中，任思齊從崇明軍中選出千餘名的士兵軍官，擔任新軍的核心，淘汰老弱共整編了八萬新軍，分為八鎮，任命了沙千裡、施琅等人為鎮将。任思齊決定等回師南京之時，抽調其中的四鎮去南京。任命陳名揚為福建總兵，統率剩下的四萬新軍，負責整編訓練軍隊，鎮守福建，等待時機攻略江西兩廣。
陸軍的整編工作非常的順利，可是鄭家水師的整編就不是那麼容易了，因為一個人在清兵攻打安平時逃了出去，逃到了廈門島。這個人就是鄭芝龍的兒子鄭森。
鄭森逃到廈門島，投奔了駐紮在這裡的鄭彩，試圖說服鄭彩舉兵抗清，好報安平被屠母親受辱自盡之仇。可沒想到形勢變幻的太快，清兵竟然迅速的被崇明軍擊敗，然後崇明軍占領了福州廈門。
當任思齊假借隆武帝的名義發聖旨到島上，命令鄭彩鄭森到福州觐見隆武帝時，鄭森說服了鄭彩不要去，而是應該先看看形勢再說。形勢很明顯，聽命令往福州的鄭家嫡系将領都被軟禁，絕大部分軍隊都控制在了任思齊的手中。雖然任思齊并沒有下令殺掉被軟禁的鄭鴻魁施福等人，可鄭彩鄭森也知道大事不妙。
可是他二人現在掌控的僅僅是數百艘戰船三四萬水軍，實力如何能和占據了整個福建的崇明軍相比，别的不說，若是崇明軍卡斷了糧食供應，不出半月數萬大軍将無糧食可吃。所以當任思齊派人來到島上，再次邀請二人往福州并保證二人的安全的時候，鄭彩動搖了，與其以卵擊石，不如拿着手中的船隊人馬和任思齊讨價還價，好換個高官做做，憑借十多年來積攢的數百萬兩的身家，逍遙一世豈不美哉！
誰料還未等鄭彩美夢成真，鄭森突然暴起發動，率數百軍隊直闖鄭彩的中軍，斬殺了鄭彩，接管了整個水師。鄭森是鄭芝龍的長子，是鄭家勢力名正言順的繼承人，鄭彩既死他手下的軍隊也都順理成章歸順了鄭森。
接掌了廈門島的水師之後，鄭森當即帶兵攻打金門，金門島本是鄭鴻魁的地盤，鄭鴻魁已經應隆武帝的聖旨往福州去了，群龍無首之下金門輕易被鄭森突破，除了少部分船隻逃亡泉州以外，大部分船隻水兵都歸降了鄭森。
占據了金廈兩島之後，鄭森幾乎掌控了鄭芝龍大半的水軍，聲威大震，開始派兵四下登陸，搶奪糧食物質。
隆武三年（1647年）元月，茅十八奉命率領崇明軍主力艦隊百艘三桅帆船到達泉州，開始了對鄭森水師的圍剿。兩隻水師先是戰于泉州城外海面，鄭森部二百艘船隻被擊沉三十多艘，剩下的往南逃回廈門。
二月五日，茅十八率領船隊繼續南下，與料羅灣和鄭家主力艦隊相遇，雙方展開了有明以來最大規模的海戰。
一方是百艘三桅帆船，都是樯桅高聳的大型福船，每艘上面都安裝着一到兩門紅衣大炮，其中更包括“公主号”和“飛魚号”兩艘荷蘭夾闆船，每艘上面都有數十門大炮，整支艦隊的紅衣大炮門數超過了兩百門。
而鄭家的艦隊船隻數量多達上千，其中除了大型福船兩百餘艘以外，海滄船、哨船、破浪船等各種船隻應有盡有。
兩支船隊仆一相遇，立刻進入了激烈的大戰之中，上千艘鄭家船隻圍着百艘崇明軍船隊展開了瘋狂的進攻，跳幫作戰、弓弩火箭攢射，火船進攻，各種傳統的海戰戰術接連使出。而崇明軍船隻則完全擺着防守的陣型，僅靠火炮攻擊敵艦。
這是一場不對稱的戰鬥，船隻多的一方并沒有取得一點的優勢，因為他們的船隻往往還沒有靠近對方，已經被密集的炮火擊沉。在先進的火炮面前，落後的戰術完全不夠看！
戰鬥從上午開始，等到夕陽西下之時，已經有兩百多艘鄭家船隻先後被擊沉，而崇明軍僅僅損失了兩艘普通的三桅帆船，雙方的戰損比是如此之大，以至于最後鄭家的船隻根本不敢上前厮殺，而是遠遠的逃離了開來。
百餘艘崇明軍船隻封鎖了料羅灣海港，鄭家的剩餘船隊被堵在了海港中根本不敢出來繼續作戰。第二天黎明時分，鄭森帶着百餘艘主力戰艦強行突圍，損失了一半的船隻之後，突破崇明軍的封鎖逃入了茫茫大洋之中。
茅十八指揮着船隊進入了海港，剩下的鄭家船隻紛紛投降，崇明軍登上了金門廈門兩島。
隆武三年三月五日，任思齊任命陳名揚為福建總兵，統率留在福建的四萬新軍，任命任峻為福建巡撫，作為福建的最高官員。同時組建南洋艦隊，以茅十八為水師提督，下轄五百餘艘各式戰船負責福建對外的海貿，以及經略南洋航線。
此次南下福建，除了整編了鄭家的軍隊以外，鄭家十多年海貿積攢的龐大财富也落到了任思齊手中，各種财富折合白銀高達一千多萬兩。任思齊大爽之下，宣布免除福建全省賦稅三年，以收獲民心。
三月八日，安排妥了福建事宜之後，任思齊命令步軍從仙霞關入浙江，自己則奉隆武帝沿着海路回師。